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大白鯊允許魚類食用各種各樣的食物，包括植物和其他生物。魚通過口腔攝取食物并將其分解在食道中。在胃中，食物被進一步消化，并且在許多魚類中，用稱為幽門盲囊的手指狀小袋加工，其分泌消化酶并吸收營養。當食物通過消化道時，肝臟和胰腺等器官會添加酶和各種化學物質。腸道完成消化和營養吸收的過程。
在大多數脊椎動物中，消化是一個涉及消化道主要結構的四階段過程，從攝入開始，將食物放入口中，最后通過肛門排泄未消化的物質。從口中，食物移動到胃部，在那里作為推注它被化學分解。然后它移動到腸道，在那里將食物分解成簡單分子的過程繼續進行，結果作為營養物質被吸收到循環系統和淋巴系統中。
雖然胃的精確形狀和大小在不同的脊椎動物中變化很大，但食道和十二指腸開口的相對位置保持相對恒定。結果，在彎曲回到與幽門括約肌相遇之前，器官總是向左彎曲一些。然而，燈盞，hagfishes，chimaeras，lungfishes和一些硬骨魚根本沒有胃，食道直接進入腸道。這些動物都消耗飲食，這些飲食要么幾乎不需要食物儲存，要么不用胃液預先消化，或兩者兼而有之。
該小腸是消化道之后胃和隨后的部分大腸，并且是大部分的消化和吸收食物發生。在魚類中，小腸的分裂不清楚，可以使用術語前或近腸來代替十二指腸。小腸存在于所有硬骨魚類中，盡管它的形狀和長度在物種之間差別很大。在硬骨魚類中，它相對較短，通常約為魚體長度的1.5倍。它通常有許多幽門盲囊，沿著其長度的小袋狀結構，有助于增加器官的整體表面積以消化食物。硬骨魚中沒有回盲瓣膜，小腸和直腸之間的邊界僅由消化上皮末端標記。
在非硬骨魚類中沒有小腸，例如鯊魚，鱘魚和肺魚。相反，腸道的消化部分形成螺旋腸，將胃連接到直腸。在這種類型的腸道中，腸道本身是相對直的，但是具有沿著內表面以螺旋方式延伸的長折疊，有時幾十圈。該閥門大大增加了腸道的表面積和有效長度。螺旋腸的襯里類似于硬骨魚和非哺乳動物四足動物的小腸。在燈泡中，螺旋閥非常小，可能是因為它們的飲食需要很少的消化。Hagfish根本沒有螺旋閥，幾乎整個腸道都消化，而不是細分到不同的區域。
在大腸是最后一部分消化系統通常在脊椎動物中發現。它的功能是從剩余的難消化食物中吸收水分，然后從身體中傳遞無用的廢物。在魚類中，沒有真正的大腸，只是一個短直腸，將腸道消化部分的末端連接到泄殖腔。在鯊魚中，這包括一個分泌鹽的直腸腺，以幫助動物保持與海水的滲透平衡。腺體在某種程度上類似于結構中的盲腸，但不是同源結構。
與許多水生動物一樣，大多數魚類以氨的形式釋放含氮廢物。一些廢物通過鰓擴散。血液廢物過濾由腎臟。
由于滲透，咸水魚往往會失水。他們的腎臟將水返回身體。相反的情況發生在淡水魚中：它們傾向于滲透水。他們的腎臟產生稀釋尿液排泄。有些魚的功能特別適應腎臟，允許它們從淡水轉移到咸水中。
在鯊魚中，消化可能需要很長時間。食物從口腔移動到J形胃，在那里儲存并初始消化。不需要的物品可能永遠不會越過胃，相反，鯊魚要么嘔吐，要么將胃從里面翻出來，從口中噴出不需要的物品。鯊魚和哺乳動物的消化系統之間最大的區別之一是鯊魚的腸道短得多。這個短的長度是通過在一個短的部分內具有多匝的螺旋閥而不是長的管狀腸來實現的。該閥門具有較長的表面積，當剩余的廢物進入泄殖腔時，需要食物在短腸內循環直至完全消化。